正常情況下，
公司章程
往往是以設(shè)立協(xié)議為基礎(chǔ)而制定的。設(shè)立協(xié)議的主要內(nèi)容，通常都會被公司章程所吸收。在這種情況下，設(shè)立協(xié)議與章程之間不可能發(fā)生沖突。但是，如果公司章程與設(shè)立協(xié)議發(fā)生了沖突，則如何適用呢？

（一）如設(shè)立協(xié)議與公司章程發(fā)生沖突時(shí)，應(yīng)以公司章程為準(zhǔn)

正如前述，公司設(shè)立協(xié)議的效力期限，一般止于公司成立。也就是說，公司一旦成立，則公司設(shè)立協(xié)議的效力就終止了，有關(guān)公司設(shè)立與經(jīng)營管理的相關(guān)事項(xiàng)，均應(yīng)由公司章程予以規(guī)范。

在現(xiàn)實(shí)生活中，公司章程大多是在公司設(shè)立協(xié)議之后簽署的。根據(jù)法律文件的時(shí)間效力判斷，也應(yīng)當(dāng)以公司章程為準(zhǔn)。

另外，公司設(shè)立協(xié)議是內(nèi)部協(xié)議，除參與簽約的股東之外，甚至公司董事等高級管理人員均可能不知其內(nèi)容。而公司章程是公開文件，我國《公司法》第97條、第98條還特別規(guī)定，公司公開發(fā)行股票或
公司債券
必須公開披露公司章程。公司章程的公開性，是為了有助于公司投資者、債權(quán)人以及交易對象可以了解公司的組織與運(yùn)行，并據(jù)此做出判斷。所以，對社會公眾而言，章程的效力也必須高于公司設(shè)立協(xié)議。

在司法實(shí)踐中，當(dāng)事人在公司設(shè)立之后，再以公司設(shè)立協(xié)議為依據(jù)而提出
民事訴訟
，要求追究
股東出資
義務(wù)、請求確認(rèn)設(shè)立協(xié)議無效而解散公司等等，法院一般都不予以支持。

（二）如公司章程中未規(guī)定的事項(xiàng)，股東在公司設(shè)立協(xié)議中予以約定的，該約定時(shí)簽約的股東繼續(xù)有效

雖然，公司設(shè)立協(xié)議一般只約定設(shè)立過程中的相關(guān)權(quán)利義務(wù)，但也有一些公司設(shè)立協(xié)議中會就公司的存續(xù)甚至今后解散的相關(guān)事項(xiàng)做出約定。這些約定，如果公司章程中沒有明確規(guī)定，又不違反法律的強(qiáng)制性規(guī)定的，則可以繼續(xù)有效，但其法律效力僅局限在簽約的股東之間。

但是，對于《公司法》明確規(guī)定“公司章程另有規(guī)定的除外”之條款，股東之間如需另行約定的，必須在章程中予以確定，公司設(shè)立協(xié)議不具備排除法律適用的效力。例如，《公司法》第43條規(guī)定：“股東會會議南股東按照出資比例行使表決權(quán)；但是，公司章程另有規(guī)定的除外。”如公司章程中未作特別規(guī)定，則即使股東在公司設(shè)立協(xié)議中約定不按出資比例行使表決權(quán)，也不能對抗該法律規(guī)定，即股東仍應(yīng)按出資比例行使表決權(quán)。